Дія гри розвиваються в секретній лабораторії розташованої на дні океану. Тут на самоті жив ексцентричний вчений, досліди та експерименти порицались його колегами. Головним його завданням було створити жива істота володіє розумом і через роки у нього це вийшло. Але в той же час творець пропав при загадкових обставинах, залишивши Goo (таке ім'я отримав його дітище) нудьгувати і чекати його. Герою набридло тинятися в колбі-камері і вибравшись з неї, він відправився в подорож по комплексу щоб розшукати сліди зниклого друга. Уміння самому вибирати ступінь пружності допоможе подолати різні перешкоди, впоратися з ворогами і проникнути туди, куди звичайній людині ні як не потрапити.