Сюжет у Beneath The Lighthouse розповість нам про маленького хлопчика. Його дідусь багато років працює доглядачем маяка в дуже небезпечному місці для судноплавства. Постійно підтримуваний яскравий вогонь служить гарним попередженням для йдуть повз кораблів. Але одного разу світло потух, стурбований за здоров'я родича головний герой поплив дізнатися що ж трапилося. Його зустріло порожня будівля і люк провідний в підвал. Обстеживши який персонаж виявляє прихований прохід ще нижче, в дуже дивний і величезний механізм. Незважаючи на юний вік, хлопчина попався хоробрий духом і поодинці відправляється на пошуки діда.

Обертаючи сфери він може відкривати досі заблоковані локації, уникати смертельних пасток і просуватися все далі, в надії, що його місія увінчається успіхом.