Події в Alpha Guns розвиваються в зруйнованому війною місті, яке ще зовсім не давно був одним з найбезпечніших на планеті, і його жителі зовсім не боялися за своє життя. Ось тільки недалеко був розташований секретний військовий об'єкт і науковий центр при ньому. Люди в білих халатах при потуранні неадекватних генералів догралися і відкрили портал в інший вимір. Щось жахливе миттєво захопило розум співробітників бази. Керовані злісної і моторошної сутністю вони відправилися знищувати найближчий населений пункт. На захист громадян встали всього лише кілька людей, які в звичайному житті нічим не виділялися і тримали в повній секретності своє бойове минуле. Тепер їм належить прорватися через ряди божевільних бойовиків, дістатися до першопричини і знищити ворота в пекло.