Події Metal Shooter: Run and Gun відбуваються в далекому майбутньому, коли людство зробило значний стрибок у розвитку, але продовжує вести війни один з одним. Одного разу орбітальний супутник зміг зафіксувати дивну активність на острові вважався нежилим. Командування вирішило перевірити цей факт і відправила туди свого найдосвідченішого спецназівця. З перших же секунд після десанту, головний герой зрозумів, що вся територія кишить роботами бажаючими йому смерті. Після такої зустрічі очікувати щось хороше від всієї цієї армії не приходиться і персонаж приймає рішення розібратися в тому, що відбувається, знайти того хто за всім цим стоїть і відразу його знищити, щоб потім не добиратися сюди два рази. Попереду його чекають небезпечні противники, унікальна зброя і дуже великі боси.