Головний герой першої частини, який вирішив вирватися з лап системи і здобути свободу, досягнувши потрібної точки, де його ніхто ніколи не знайде ... приходить до тями. У капсулі. У приміщенні вказує на те, що він нікуди не втік. Весь цей час він був об'єктом експерименту, але його жага звільнитися від незримих кайданів порушила процес і дозволила прокинутися. Тепер на нього чекає нова сутичка за свою долю і на цей раз все буде набагато серйозніше. Коридори наукового комплексу нагадують лабіринт напханий перешкодами, охоронними системами та смертельними пастками. Лазери, міни та багато іншого призначене для того, щоб жоден індивід не зміг вибратися звідси живим. Але хороша підготовка, як і раніше, допоможе йому подолати труднощі, а технічні навички дозволяють згодом навчитися використовувати різні пристосування і амуніцію для підвищення шансів на успіх своєї затії.